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FungalTraits: a user-friendly traits database of fungi and fungus-like stramenopiles Artículo académico uri icon

Abstracto

  • El estilo de vida críptico de la mayoría de los hongos requiere la identificación molecular del gremio en estudios ambientales. Durante las últimas décadas, el rápido desarrollo y la asequibilidad de las herramientas moleculares han mejorado enormemente la comprensión de la diversidad de hongos en todos los ecosistemas y hábitats. Sin embargo, a pesar del progreso de los métodos moleculares, el conocimiento sobre las propiedades funcionales de los taxones de hongos es vago y la interpretación de los estudios ambientales de una manera ecológicamente significativa sigue siendo un desafío. Con el fin de facilitar las asignaciones funcionales y la interpretación ecológica de los estudios ambientales, presentamos una base de datos de características y caracteres de fácil uso FungalTraits que operan a nivel de hipótesis de género y especie. Combinando la información de esfuerzos anteriores como FUNGuild y FunFun junto con la participación del conocimiento experto, volvimos a anotar 10,210 y 151 géneros de hongos y Stramenopila, respectivamente. Esto resultó en un conjunto de datos de hoja de cálculo independiente que cubre 17 rasgos relacionados con el estilo de vida de los géneros de hongos y Stramenopila, diseñado para asignaciones funcionales rápidas de estudios ambientales. Para asignar los estados de rasgo a las hipótesis de especies de hongos, la comunidad científica de expertos categorizó y asignó manualmente la información de rasgo disponible a 697.413 secuencias de ITS de hongos. Sobre la base de esas secuencias, pudimos resumir la información del rasgo y del huésped en 92.623 hipótesis de especies de hongos con un umbral de disimilitud del 1%.
  • The cryptic lifestyle of most fungi necessitates molecular identification of the guild in environmental studies. Over the past decades, rapid development and affordability of molecular tools have tremendously improved insights of the fungal diversity in all ecosystems and habitats. Yet, in spite of the progress of molecular methods, knowledge about functional properties of the fungal taxa is vague and interpretation of environmental studies in an ecologically meaningful manner remains challenging. In order to facilitate functional assignments and ecological interpretation of environmental studies we introduce a user friendly traits and character database FungalTraits operating at genus and species hypothesis levels. Combining the information from previous efforts such as FUNGuild and FunFun together with involvement of expert knowledge, we reannotated 10,210 and 151 fungal and Stramenopila genera, respectively. This resulted in a stand-alone spreadsheet dataset covering 17 lifestyle related traits of fungal and Stramenopila genera, designed for rapid functional assignments of environmental studies. In order to assign the trait states to fungal species hypotheses, the scientific community of experts manually categorised and assigned available trait information to 697,413 fungal ITS sequences. On the basis of those sequences we were able to summarise trait and host information into 92,623 fungal species hypotheses at 1% dissimilarity threshold.

autores

fecha de publicación

  • 2020-11-1