Introducción: Tanto Venezuela como Colombia adoptaron medidas de contención tempranas en respuesta a la pandemia de COVID-19. Sin embargo, la actual crisis humanitaria de Venezuela ha diezmado su sistema sanitario y ha obligado a millones de venezolanos a huir a través de su porosa frontera con Colombia. La extensa frontera compartida y el tránsito transfronterizo ilegal a través de senderos improvisados entre los dos países son grandes retos para las autoridades de salud pública. Informamos de los primeros genomas de SARS-CoV-2 de Venezuela y presentamos una instantánea del panorama epidemiológico del SARS-CoV-2 en la región fronteriza entre Colombia y Venezuela. Métodos: Secuenciamos y ensamblamos genomas virales a partir de ARN total extraído de muestras clínicas nasofaríngeas (NP), utilizando una línea de análisis basada en referencias personalizadas. Los tres ensamblajes obtenidos se sometieron a la tipificación mediante la herramienta "Pangolin" de asignación filogenética de linajes de brotes globales con nombre. Se obtuvo un total de 376 genomas de SARS-CoV-2 disponibles públicamente de la base de datos GISAID para realizar análisis genómicos comparativos. Además, se utilizó la cepa Wuhan-1 como referencia. Resultados: Encontramos que dos de los genomas de SARS-CoV-2 de Venezuela pertenecían al linaje B1, y el tercero al linaje B.1.13. Observamos una mutación puntual en el gen de la proteína Spike (sustitución D614G), de la que se ha informado previamente que está asociada a una mayor infectividad, en los tres genomas venezolanos. Además, tres mutaciones (sustitución R203K/G204R) estaban presentes en el gen de la nucleocápside (N) de un genoma venezolano. Conclusiones: La secuenciación genómica demuestra la similitud entre los linajes de SARS-CoV-2 de Venezuela y los virus recogidos en pacientes de zonas fronterizas de Colombia y de Brasil, lo que es coherente con el tránsito transfronterizo a pesar de las medidas administrativas que incluyen los cierres. La presencia de mutaciones asociadas a una mayor infectividad en los 3 genomas venezolanos que reportamos y en los genomas colombianos del SARS-CoV-2 de las zonas fronterizas vecinas puede plantear retos adicionales para el control de la propagación del SARS-CoV-2 en el complejo panorama epidemiológico de los países latinoamericanos. Las autoridades de salud pública deben seguir cuidadosamente el progreso de la pandemia y su impacto en las poblaciones desplazadas dentro de la región.
Introduction: Venezuela and Colombia both adopted measures of containment early in response to the COVID-19 pandemic. However, Venezuela's ongoing humanitarian crisis has decimated its health care system, and forced millions of Venezuelans to flee through its porous border with Colombia. The extensive shared border, and illegal cross-border transit through improvised trails between the two countries are major challenges for public health authorities. We report the first SARS-CoV-2 genomes from Venezuela, and present a snapshot of the SARS-CoV-2 epidemiologic landscape in the Colombian-Venezuelan border region. Methods: We sequenced and assembled viral genomes from total RNA extracted from nasopharyngeal (NP) clinical specimens using a custom reference-based analysis pipeline. Three assemblies obtained were subjected to typing using the Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages ‘Pangolin’ tool. A total of 376 publicly available SARS-CoV-2 genomes from South America were obtained from the GISAID database to perform comparative genomic analyses. Additionally, the Wuhan-1 strain was used as reference. Results: We found that two of the SARS-CoV-2 genomes from Venezuela belonged to the B1 lineage, and the third to the B.1.13 lineage. We observed a point mutation in the Spike protein gene (D614G substitution), previously reported to be associated with increased infectivity, in all three Venezuelan genomes. Additionally, three mutations (R203K/G204R substitution) were present in the nucleocapsid (N) gene of one Venezuelan genome. Conclusions: Genomic sequencing demonstrates similarity between SARS-CoV-2 lineages from Venezuela and viruses collected from patients in bordering areas in Colombia and from Brazil, consistent with cross-border transit despite administrative measures including lockdowns. The presence of mutations associated with increased infectivity in the 3 Venezuelan genomes we report and Colombian SARS-CoV-2 genomes from neighboring borders areas may pose additional challenges for control of SARS-CoV-2 spread in the complex epidemiological landscape in Latin American countries. Public health authorities should carefully follow the progress of the pandemic and its impact on displaced populations within the region.
