Giardia intestinalis es un protozoo intestinal que se encuentra con mayor frecuencia en los seres humanos. Se ha agrupado en 8 conjuntos (A-H). Marcadores como el gen de la glutamato deshidrogenasa, la triosa fosfato isomerasa y la beta-giardina (β-giardina) han sido ampliamente utilizados para el genotipado. Además, se han propuesto diferentes dianas genéticas como alternativa valiosa para evaluar la diversidad y la genética de este microorganismo. Así, nuestro objetivo fue evaluar nuevos marcadores para el estudio de la diversidad y la estructura genética intra-taxa de G intestinalis in silico y en ADN obtenido de muestras de heces. Analizamos nueve genes constitutivos en 80 secuencias completas del genoma y en un grupo de 24 muestras de heces de Colombia. Se evaluó la diversidad alélica por locus y para la secuencia concatenada de nueve loci que pudo discriminar hasta 53 alelos. Las reconstrucciones filogenéticas permitieron identificar los conjuntos AI, AII y B. Encontramos evidencias de eventos de recombinación intra e inter-ensamblaje. El análisis de la estructura de la población mostró una diferenciación genética entre los conjuntos analizados.
Giardia intestinalis is an intestinal protozoan most commonly found in humans. It has been grouped into 8 assemblages (A-H). Markers such as the glutamate dehydrogenase gene, triose phosphate isomerase and beta-giardin (β-giardin) have been widely used for genotyping. In addition, different genetic targets have been proposed as a valuable alternative to assess diversity and genetics of this microorganism. Thus, our objective was to evaluate new markers for the study of the diversity and intra-taxa genetic structure of G intestinalis in silico and in DNA obtained from stool samples. We analysed nine constitutive genes in 80 complete genome sequences and in a group of 24 stool samples from Colombia. Allelic diversity was evaluated by locus and for the concatenated sequence of nine loci that could discriminate up to 53 alleles. Phylogenetic reconstructions allowed us to identify AI, AII and B assemblages. We found evidence of intra-and inter-assemblage recombination events. Population structure analysis showed genetic differentiation among the assemblages analysed.
