El objetivo de este trabajo es analizar las perspectivas y las estrategias para priorizar agendas de investigación en salud. Se toma el caso de la Secretaría Distrital de Salud (SDS) de Bogotá entre los años 1996 y 2012, con el fin de valorar el impacto de las agendas de investigación sobre inequidades, en el marco del último Plan Distrital de Ciencia Tecnología e Innovación (2012 – 2021); se hace revisión sistemática de literatura, estudio de documentos base y entrevistas semiestructuradas a informantes clave. Se concluye que, pese al uso de perspectivas de priorización de agendas, basadas en estándares internacionales, no se logra disminuir las inequidades en salud; se han desarrollado capacidades de investigación en salud de resonancia local más no global, con recursos insuficientes.