Blastocystis ha sido reportado como el microorganismo eucariota más común que reside en los intestinos de humanos y animales, con una prevalencia de hasta el 100% en algunas poblaciones. Dado que se trata de una especie críptica, el polimorfismo de secuencia es la única estrategia para analizar su diversidad genética, utilizándose tradicionalmente el análisis de la secuencia del gen ssu rRNA para determinar los alelos y subtipos (ST) de esta especie. Este gen multicopia ha mostrado una alta diversidad entre los diferentes STs, haciendo necesario explorar otros genes para evaluar la diversidad intraespecífica. Este estudio evaluó el uso de un nuevo marcador genético, la succinato deshidrogenasa (SDHA), para la tipificación y evaluación de la diversidad genética y la estructura de la población genética de Blastocystis. En total, se recogieron 375 muestras fecales humanas y se sometieron a PCR, se subtipificaron utilizando el marcador ssu rRNA, y luego se amplificó el gen SDHA mediante PCR para 117 muestras. Encontramos algunas incongruencias entre las topologías de los árboles para ambos marcadores moleculares. Sin embargo, la agrupación por ST previamente establecida para Blastocystis fue congruente en la secuencia concatenada. SDHA mostró menores señales de reticulación (el origen de un linaje a través de la fusión parcial de dos linajes ancestrales) y una mejor capacidad de agrupación intra ST. Se observaron clusters con asociaciones geográficas intra ST. La diversidad genética fue menor en el marcador evaluado en comparación con la del gen ssu rRNA (diversidad de nucleótidos = 0,03344 y 0,16986, respectivamente) y las secuencias analizadas mostraron una expansión de la población con diferenciación genética principalmente entre ST. El gen ssu rRNA fue útil para explorar la diversidad interespecífica, pero junto con el gen SDHA el poder de resolución para evaluar la diversidad intra ST fue mayor. Estos resultados mostraron el potencial del marcador SDHA para estudiar la diversidad genética intra ST de Blastocystis relacionada con la localización geográfica y la diversidad inter ST utilizando las secuencias concatenadas.
Blastocystis has been reported as the most common eukaryotic microorganism residing in the intestines of both humans and animals, with a prevalence of up to 100% in some populations. Since this is a cryptic species, sequence polymorphism are the single strategy to analyses its genetic diversity, being traditionally used the analysis of ssu rRNA gene sequence to determine alleles and subtypes (STs) for this species. This multicopy gene has shown high diversity among different STs, making necessary to explore other genes to assess intraspecific diversity. This study evaluated the use of a novel genetic marker, succinate dehydrogenase (SDHA), for the typing and evaluation of the genetic diversity and genetic population structure of Blastocystis. In total, 375 human fecal samples were collected and subjected to PCR, subtyped using the ssu rRNA marker, and then the SDHA gene was amplified via PCR for 117 samples. We found some incongruences between tree topologies for both molecular markers. However, the clustering by ST previously established for Blastocystis was congruent in the concatenated sequence. SDHA showed lower reticulation (The origination of a lineage through the partial merging of two ancestor lineages) signals and better intra ST clustering ability. Clusters with geographical associations were observed intra ST. The genetic diversity was lower in the marker evaluated compared to that of the ssu rRNA gene (nucleotide diversity = 0.03344 and 0.16986, respectively) and the sequences analyzed showed population expansion with genetic differentiation principally among STs. The ssu rRNA gene was useful to explore interspecific diversity but together with the SDHA gene the resolution power to evaluate intra ST diversity was higher. These results showed the potential of the SDHA marker for studying the intra ST genetic diversity of Blastocystis related with geographical location and the inter ST diversity using the concatenated sequences.
