Desde su aparición en Wuhan (China) en diciembre de 2019, el Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Severo 2 (SARS-CoV-2) se ha extendido rápidamente por todo el mundo. Tras su llegada a Sudamérica en febrero de 2020, el virus se ha expandido por toda la región, infectando a más de 900.000 individuos con aproximadamente 41.000 muertes reportadas hasta la fecha. En respuesta al rápido crecimiento del número de casos, se han desarrollado varios conjuntos de sondas primarias. Sin embargo, a pesar de su alta especificidad, la mayoría de estos conjuntos de sondas de iniciación presentan una sensibilidad variable. Actualmente, hay más de 300 secuencias del genoma completo del SARS-CoV2 depositadas en bases de datos de Brasil, Chile, Ecuador, Colombia, Uruguay, Perú y Argentina. Para comprobar cómo la diversidad viral regional puede influir en los sitios de unión de los oligoelementos y afectar al rendimiento de la prueba, revisamos todos los conjuntos de cebadores-sonda disponibles dirigidos a los genes E, N y RdRp frente a los genomas de SARS-CoV-2 disponibles, comprobando las variaciones de nucleótidos en los sitios de recocido. Los resultados de este análisis in silico no mostraron variaciones de nucleótidos en la región objetivo del gen E, en contraste con los genes N y RdRp que mostraron variaciones masivas de nucleótidos dentro de los sitios de unión del oligo. En consonancia con datos anteriores, nuestros resultados sugieren que el gen E es la diana más conservada y fiable cuando se considera la prueba de diana de un solo gen para el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en Sudamérica.
Since its emergence in Wuhan (China) on December 2019, the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has rapidly spread worldwide. After its arrival in South America in February 2020, the virus has expanded throughout the region, infecting over 900,000 individuals with approximately 41,000 reported deaths to date. In response to the rapidly growing number of cases, a number of different primer-probe sets have been developed. However, despite being highly specific, most of these primer-probe sets are known to exhibit variable sensitivity. Currently, there are more than 300 SARS-CoV2 whole genome sequences deposited in databases from Brazil, Chile, Ecuador, Colombia, Uruguay, Peru, and Argentina. To test how regional viral diversity may impact oligo binding sites and affect test performance, we reviewed all available primer-probe sets targeting the E, N, and RdRp genes against available South American SARS-CoV-2 genomes checking for nucleotide variations in annealing sites. Results from this in silico analysis showed no nucleotide variations on the E-gene target region, in contrast to the N and RdRp genes which showed massive nucleotide variations within oligo binding sites. In lines with previous data, our results suggest that the E-gene stands as the most conserved and reliable target when considering single-gene target testing for molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in South America.
